Sachant que nos formes biologiques ont besoin de bien plus de temps pour se réparer que leurs enveloppes mécaniques vides, les mécanoïdes se sont regroupés et ont lancé leur deuxième vague ! Comme Aelion est familière aux mécanoïdes, les actions de leurs forces ont dépassé ce que nous attendions d'elles. Nous devons réévaluer la menace qu'ils représentent pour Aelion et ses habitants afin que nous ne subissions pas leurs plans diaboliques.
Le faux départ des mécanoïdes a provoqué de nombreux troubles parmi les citoyens d'Aelion, mais ils reviennent en sachant pertinemment que leur visite nous a rendus plus forts. Avec le retour des mécanoïdes, les joueurs peuvent continuer à augmenter leur résistance face à n'importe quel environnement mortel qu'ils propageront lors des batailles qui nous attendent. De plus, une progression supplémentaire peut être effectuée sur l'atlas mécanoïde, ce qui permet aux joueurs d'atteindre les objectifs qu'ils n'ont pu terminer lors de la première vague ! Nous connaissons l'ennemi et cela nous rend plus forts : nous ne serons pas vaincus !